En su trabajo Fundeps se enfoca principalmente en las áreas de Gobernabilidad Democrática; Acceso a la justicia; y Fortalecimiento de la Sociedad Civil (para más información, revisar el informe de actividades 2010)

Para ello, Fundeps se enfoca en la búsqueda de trabajar mancomunadamente junto a todos los actores que intervienen en el proceso de desarrollo: diferentes niveles de gobierno, el sector privado, la ciudadanía y otros actores de la sociedad civil. Con estos fines, Fundeps desarrolla actividades que incluyen la capacitación y la asistencia técnica, el Cabildeo, la Investigación y desarrollo de políticas, el litigio estratégico y el desarrollo de campañas de difusión y concientización. En cada una de las siguientes Areas, Fundeps ha desarollado programas específicos de trabajo:

Área de Gobernanza Democrática

• Programa de Fortalecimiento de la Transparencia Gubernamental
• Programa de Acceso a la Información

Area de Acceso a la Justicia

• Programa de Clínica Jurídica

Area de Fortalecimiento de la Sociedad Civil

• Programa de Fortalecimiento de marco regulatorio para la Participación Ciudadana